Contexte et Enjeux

Les populations d’arbres forestiers présentent fréquemment de fortes signatures d’adaptation locale, où la sélection naturelle a optimisé des phénotypes maximisant la survie et la croissance sous les conditions climatiques locales. Cet ajustement évolutif fin des relations entre les gènes et le climat constitue une caractéristique largement répandue chez les espèces forestières. Cependant, les changements climatiques rapides pourraient perturber ces adaptations établies de longue date, entraînant potentiellement une diminution de la valeur sélective des populations et une augmentation de leur vulnérabilité.

Malgré son importance écologique et évolutive, l’adaptation locale au climat reste encore insuffisamment comprise chez les espèces forestières des montagnes européennes. Ce projet vise à étudier comment l’adaptation climatique locale influence la variation des traits liés à la fitness chez les cinq principales espèces d’arbres des forêts de montagne européennes : Fagus sylvatica, Pinus sylvestris, Picea abies, Abies alba et Larix decidua.

Objectifs Scientifiques et Hypothèses

Le projet de thèse combinera la dendroécologie, la génomique des populations et des approches avancées de modélisation statistique afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à l’adaptation aux forts gradients climats des environnements montagneux.

Axe 1 : Variabilité des relations croissance–climat chez les arbres de montagne

Un premier objectif consistera à caractériser les relations entre la croissance radiale et le climat à travers les populations des cinq espèces cibles. En utilisant des données de cernes de croissance et des informations climatiques provenant des sites d’échantillonnage, le projet identifiera les optimums climatiques locaux, l’amplitude des niches, ainsi que la forme des réponses climatiques au niveau des populations, et comparera ces réponses aux tendances observées à l’échelle des espèces.

Axe 2 : Bases génétiques de l’adaptation locale au climat

Un deuxième objectif consistera à identifier les bases génétiques de l’adaptation locale au climat. Pour cela, le projet propose d’adapter l’analyse de médiation, une approche largement utilisée en épidémiologie et dans les sciences sociales, à la génomique écologique (VanderWeele & Vansteelandt, 2014). L’analyse de médiation examine conjointement les relations entre (i) un trait phénotypique, ici la croissance radiale mesurée à partir des cernes des arbres, (ii) des prédicteurs environnementaux, à savoir les conditions climatiques annuelles, et (iii) des médiateurs, représentés par les génotypes individuels des arbres. Pour valider la robustesse de l’approche, les résultats de l’analyse de médiation seront comparés à ceux obtenus à partir de méthodes classiques d’association génotype - environnement (GEA), qui reposent uniquement sur des données génétiques et environnementales.

Environnement de travail

La thèse sera menée en collaboration entre le LECA (Christophe Corona, CNRS, et Thibaut Capblancq, UGA, Grenoble) et l'URFM (Ivan Scotti, INRAE, Avignon), dans le cadre du programme PEPR FORESTT (MALADAP-TREE).

Profil recherché 

Étudiant·e de Master 2 en écologie et évolution, avec une formation en génétique des populations et/ou en génétique quantitative. Une expérience ou une formation dans l’analyse de données génomiques sera fortement appréciée, de même que des compétences dans l’utilisation d’un environnement Unix (shell) et un intérêt marqué pour la génomique adaptative et les écosystèmes forestiers.

Candidater

Envoyer votre CV, une lettre de motivation et deux références ou lettres de recommandation à thibaut.capblancq@univ-grenoble-alpes.fr

Date limite des candidature : 26 juin 2026